Noch immer kämpft die Menschheit gegen die Bedrohung durch die Novas, riesige außerirdische Wesen, deren einziges Ziel die Zerstörung der Erde ist. Konventionelle Waffen erweisen sich als nutzlos gegen sie. Nur die Pandoras, Frauen, die durch die Stigmatas auf ihren Rücken zu Kämpferinnen geworden sind, können im Kampf gegen sie bestehen. Unter ihnen befinden sich auch Satellizer el Bridget und Rana Linchen, die mit ihrem Limiter Kazuya Aoi nach Alaska gereist sind, um beim E-Pandora Projekt zu helfen. Nur 2\% der Frauen sind mit Stigmatas kompatibel, zu wenig, um gegen den Ansturm der Novas zu bestehen, weshalb hier an künstlichen Pandoras geforscht wird.