Drei Jahre nachdem die Yamato von Iscandar zurückkehrte. Die Menschen der Erde haben ihren Planeten mithilfe des Kosmo-Umkehrsystems wieder zum Leben erweckt und Frieden mit den Gamilas geschloßen. Außerdem begannen sie mit dem Aufbau einer neuen Weltraumflotte, darunter das modernste Schlachtschiff Andromeda. Die Erde beschreitet einen Pfad der militärischen Expansion, entgegen den Wünschen von Starsha Iscandar. Die Yamato verteidigt diesen sogenannten Frieden, doch auf Kosten vieler unersetzlicher Opfer. Die Göttin Teresa, welche für Ruhe um Universum betet, schickt die Yamato auf eine neue Reise. Die Bedrohung von Gatlantis breitet sich im Universum aus und nähert sich der Erde.