Der Anime spielt unmittelbar nach den Ereignisse von Grisaia no Kajitsu. Yuji wurde festgenommen, da er verdächtigt wird, in den Machenschaften einer internationalen Terrororganisation verstrickt zu sein. Die Story dreht sich um die verbleidenden Mitglieder der Mihama Akamedie, die sich zunehmends in finanzieller Not befindet. Die Schule wird innerhalb eines Monats wegen finanzieller Probleme geschlossen werden. Werden sie Yuji seinem Schicksal überlassen? Oder werden sie - nach seinem Verschwinden - wieder in alte Muster zurückfallen?